Kegiatan Bimbingan Konseling (BK) merupakan bagian integral dari pendidikan yang bertujuan memfasilitasi dan memandirikan peserta didik dalam rangka tercapainya perkembangan yang utuh dan optimal bagi siswa-siswi SMA Fons Vitae 2 Marsudirini.
Layanan bimbingan konseling siswa-siswi SMA Fons Vitae 2 Marsudirini berupa layanan individual, kelompok maupun klasikal. Layanan konseling individual dan kelompok dilaksanakan di luar jam belajar siswa. Untuk layanan klasikal dilakukan melalui pengajaran di kelas setiap minggunya dengan topik-topik yang disesuaikan dengan Silabus.
Proses pembelajaran di SMA Fons Vitae 2 Marsudirini akan efektif apabila dilakukan melalui persiapan yang cukup dan terencana dengan baik, pendidikan yang komprehensif dan integral yang mengasah mental siswa yang meliputi ranah : intelligential, physic, emotional, moral, spiritual, social.